Geçenlerde harika bir şey keşfettim!Çevresindeki birçok ileri düzey deney uzmanı, bazı çok temel deneysel bilgi noktalarını bile bilmiyor.

Örneğin, aşağıdaki soruları cevaplayabilir misiniz?

OD260 ve A260 arasında bir fark var mı?Her biri ne anlama geliyor?
OD, optik yoğunluğun (optik yoğunluk) kısaltmasıdır, A, absorbansın (absorbans) kısaltmasıdır, iki kavram aslında aynıdır, "optik yoğunluk", "absorbans"tır, ancak "optik yoğunluk" çoğu ulusal standartla uyumludur ve daha standardize edilmiştir.

Nükleik asit konsantrasyonunu hesaplamak için genellikle OD değerini 260nm'de ölçeriz, peki 1OD neyi temsil eder?
Nükleik asit, hem DNA hem de RNA'nın yanı sıra parçalanmış nükleik asit parçalarını içeren 260nm dalga boyunda maksimum absorpsiyon zirvesine sahiptir (bu kilit noktadır).
260 nm dalga boyunda ölçülen OD değeri OD260 olarak kaydedildi.Numune safsa, OD260 değeri nükleik asit numunesinin konsantrasyonunu hesaplayabilir.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (çift sarmallı DNA)
=37 μg/ml ssDNA (tek sarmallı DNA)
=40 μg/ml RNA
=30 μg/ml dNTP'ler (oligonükleotidler)
RT-PCR, Realtime-PCR ve QPCR arasında bağlantı ve fark var mı?
RT-PCR, Ters Transkripsiyon PCR'nin kısaltmasıdır
Gerçek Zamanlı PCR=qPCR, Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR'nin kısaltması
Gerçek Zamanlı PCR (gerçek zamanlı floresan kantitatif PCR) ve Ters Transkripsiyon PCR (ters transkripsiyon PCR) her ikisi de RT-PCR olarak kısaltılmış gibi görünse de.Ancak uluslararası sözleşme şudur: RT-PCR, özellikle ters transkripsiyon PCR'yi ifade eder.

Biyolojide DNA/RNA'nın uzunluğunu tanımlamak için yaygın olarak kullanılan nt, bp ve kb nedir?
nt = nükleotit
bp = baz çifti baz çifti
kb = kilobaz

Elbette birçok insanın bu küçük detayları umursamadığını söylersiniz!Bunu herkes yapar ve kimse size bunun ne olduğunu sormaz.Bunun gereksiz olduğunu biliyorsun, değil mi?

Hayır, Hayır, Hayır, bunu bilmek çok gerekli!hangisi yüzünden?
Çünkü bir makale göndermek istiyorsunuz!Erkek kardeş!Mezun olmayı hedefliyor veya bilimsel araştırma başarılarının peşinde koşuyor olun, konuşmak için makalelere güvenmelisiniz!

Nükleik asit ekstraksiyonu en basit ve en temel deney olmalıdır.Nükleik asit ekstraksiyonunun kalitesi sonraki deneylerin sonuçlarını doğrudan belirler.

Defalarca söylememe rağmen hala ilgilenmeyen çok arkadaş var.Bu sefer makaleden çıkmaya karar verdim!

MIQE olarak adlandırılan Kantitatif Gerçek Zamanlı PCR Deneylerinin Yayınlanması için Minimum Bilgi, floresans kantitatif PCR deneylerini değerlendirmek ve makaleleri yayınlamak için gerekli deneysel bilgiler için minimum standartlar öneren, uluslararası düzeyde kullanıma sunulan bir dizi floresans kantitatif deney kılavuzudur.Deneyi yapan kişi tarafından sağlanan deneysel koşullar ve analiz yöntemleri sayesinde, gözden geçirenler, araştırmacının deneysel planının geçerliliğini daha iyi değerlendirebilir.

Nükleik asit ekstraksiyonu bölümünde aşağıdaki saptama öğelerinin önerildiği görülebilir,

“E” verilmesi gereken bilgileri, “D” ise gerektiğinde verilmesi gereken bilgileri gösterir.

Form çok karışık aslında herkesin baştan başlaması gerektiğini söylemek istiyorum.

Nükleik asitleri bu dört açıdan değerlendirmek için saflık (D), verim (D), bütünlük (E) ve tutarlılık (E).

Deneysel alışkanlıklara göre, önce saflık ve konsantrasyon değerlendirme yöntemlerinden bahsedin.

OD ölçümü, deneyciler için favori ve en kolay tespit yöntemidir.Prensip olarak, burada ayrıntılara girmeyeceğim.Pek çok laboratuvar artık nükleik asit numunelerini doğrudan kantitatif olarak analiz etmek için ultra mikro spektrofotometreler kullanıyor.Program absorbans değerini görüntülerken doğrudan konsantrasyon değeri (nükleik asit, protein ve floresan boya) ve ilgili oranları verir.OD değerinin analizine gelince, bu resmi kaydedin ve iyi olacaksınız.

Evrensel OD değeri çözüm listesi

Ancak, sizin için ayrı ayrı çıkarılması gereken birkaç uyarı var.

(Sonuçta, ihtiyacın olana kadar biriktirip bekleyenlerin sen olduğunu biliyorum!)

Not 1 Ekipman

OD değeri farklı ekipmanlardan etkilenecektir.OD260 belirli bir aralıkta olduğu sürece OD230 ve OD280 değerleri anlamlıdır.Örneğin, yaygın kullanılan Eppendorf D30'un 260nm'de absorbans aralığı 0~3A'dır ve Thermo'dan NanoDrop One 260nm'dedir.0.5~62.5A absorbans aralığı.

Not 2seyreltme reaktifi

OD değeri, farklı reaktiflerin seyreltilmesinden etkilenebilir.Örneğin, saflaştırılmış RNA'nın pH cinsinden OD260/280 okuması7,5 10mM Trisarabellek 1.9-2.1 arasındadır,nötr sulu çözeltioran daha düşük, belki sadece 1.8-2.0 olacaktır, ancak bu, RNA kalitesinin Farkı değiştirdiği anlamına gelmez.

Not 3artık maddeler

Kalıntı maddelerin varlığı, nükleik asit konsantrasyonu ölçümünün doğruluğunu etkileyeceğinden, nükleik asit numunelerinde protein, fenol, polisakkarit ve polifenol kalıntılarından mümkün olduğunca kaçınmak gerekir.

Ancak aslında organik reaktiflerle ekstraksiyon eski bir yöntemdir.Ticari kitlerde ekstraksiyon etkisi, çıkarılması zor olan toksik ve zararlı organik reaktiflerden kaçınarak santrifüjleme ile birleştirilmiş silika bazlı bir adsorpsiyon kolonu yoluyla elde edilebilir.Foregene'nin nükleik asit ekstraksiyon kiti, operasyon boyunca DNaz/RNaz ve toksik organik reaktifler kullanmaz, hızlı ve güvenlidir, veetkisiiyi(yanlışlıkla kel olduğunu söyledim ama bilmek istediğini biliyorum).

Örnek 1: Genomik DNA ekstraksiyon verimi ve saflığı

Foregene Toprak DNA İzolasyon Kiti (DE-05511), çeşitli kaynaklardan toprak örneklerini işler ve elde edilen genomik DNA'nın miktarı ve saflığı aşağıdaki tabloda gösterilmektedir:
Örnek 2: Doku RNA ekstraksiyonu verimi ve saflığı

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) çeşitli doku örneklerini işlemiştir ve elde edilen RNA'nın miktarı ve saflığı aşağıdaki tabloda gösterilmektedir (fare dokusu için):
Ancak, OD değeriyle işinizin bittiğini düşünmeyin.Ön tarafta sizin için çizdiğim kilit noktalara dikkat ediyor musunuz?

Fark etme

Fragmente nükleik asit moleküllerinin absorbansları da hesaplanacaktır.RNA'da genomik DNA kalıntılarınız olduğunu varsayarsak, OD değeriniz çok yüksek görünecektir, ancak gerçek RNA konsantrasyonu belirlenemez.RNA'nızın olup olmadığı Bozulma olup olmadığı net değil, bu nedenle daha doğru bir karar verebilmek için hala kapsamlı bir değerlendirme yöntemine ihtiyacımız var, yani MIQE'de bahsedilen nükleik asit bütünlük değerlendirmesi.